Wann die erste St. Petri-Kirche gebaut wurde ist unbekannt. Es gibt keine Stiftungsurkunde. Die Kirche ist mindestens zweimal durch Großbrände zerstört worden. Dabei wurden wichtige Unterlagen vernichtet. Die früheste Erwähnung der Kirche findet sich in einer Urkunde vom 2. Januar 1285, in der festgehalten wurde, dass die Markgrafen Otto V. und Otto VI. von Brandenburg, der St. Petri-Kirche zwei Wispel Roggen stifteten. Aber schon im Jahr 1237 fungierte ein Symeon, Pfarrer von Cölln, als Zeuge in einem Rechtsstreit zwischen dem Bischof von Brandenburg und den dortigen Markgrafen. Wenn Symeon um 1237 Pfarrer in Cölln war, dürfte es die St. Petri-Kirche zu diesem Zeitpunkt bereits gegeben haben.
Der Kirchenbau vor 1237 (erste St. Petri-Kirche) ist bei kleinräumigen archäologischen Untersuchungen im Jahr 1967 nachgewiesen worden. Es wurde aber ein noch älteres Fundament gefunden. Die untersten Gräber waren von diesem älteren Fundament geschnitten. Das heißt, dass die Gräber vor dem Bau der ersten Steinkirche angelegt worden sind. Es könnte vorher eine Fachwerk-Kirche oder eine Kapelle gegeben haben. Die Entstehungszeit der allerersten Kirche ist unbekannt, die ältesten Gräber sind um 1150/60 entstanden, wie Radiokarbondatierungen zeigen.
Die spätere Geschichte der St. Petri-Kirche ist in groben Zügen bekannt. Die Kirche, der im Jahr 1285 der Roggen vermacht wurde, verfiel wohl Anfang des 14. Jahrhunderts. Damals wurde angeblich der Propst Nikolaus von Bernau vor der Berliner Marienkirche ermordet. Daraufhin wurden sowohl die Berliner Kirchen als auch die Cöllner Kirche mit dem päpstlichen Bann belegt. Viele Jahre durften keine Gottesdienste in diesen Kirchen abgehalten werden. Die Berliner und Cöllner mussten sich vom Bann freikaufen und die Gemeinden verarmten wegen der hohen Beträge, die hierfür zu zahlen waren.
Als der Bann im Jahre 1345 aufgehoben wurde, planten die Kirchenoberen in Cölln einen Kirchenneubau. Dieser war um 1379 im Gange. Aus einem Ablassbrief des Magdeburger Bischofs Petrus geht hervor, dass die Bauarbeiten an der Kirche unter akutem Geldmangel litten. Wann diese Kirche fertig gestellt wurde ist nicht bekannt, doch wurde im Jahr 1434 ein Taufstein aus Metall verfertigt. Die um 1379 begonnene Kirche hat 351 Jahre lang am Petriplatz gestanden, bis sie am 29. Mai 1730 dreimal vom Blitz getroffen wurde und abbrannte. Die Kirche war vor dem Brand mehrfach renoviert worden und es gab größere Probleme mit dem Kirchturm. Der wurde 1587 repariert, war aber aufgrund von Witterungseinflüssen im Jahr 1605 wieder baufällig. Schließlich wurde der Turm zurückgebaut. Der Turmstumpf wurde mit einem Dach geschlossen, welches von den Cöllner Bürgern als das Stadtbild störend empfunden.
Grundrisse der verschiedenen Petri-Kirchen.
Zu Anfang des 18. Jahrhunderts wurde ein neuer Turm geplant. König Friedrich Wilhelm I. setzt sich für das Bauvorhaben ein. Der Turm der Petrikirche sollte mit 108,02 Metern das höchste Bauwerks Europas werden. Die Petri-Kirche wurde bis 1717 renoviert und bekam 1718 eine Kanzel aus weißem Marmor, geschaffen vom Hofbildhauer Johann Conrad Koch. 1726 wurde mit der Abtragung des alten Turms begonnen. 1727 begann der Turmneubau. Am 29. Mai 1730 schlug in den noch eingerüsteten Turm ein Blitz ein, kurz darauf ein zweiter in die Kuppel. Ein dritter Blitz entzündete das geteerte Seil eines Materialaufzugs im Turm-Inneren. Man versuchte vergeblich, das brennende Gerüst vom Turm abzuhacken. Der Küster rettete die silbernen Altargeräte aus der Sakristei. Auch mehrere Wohnhäuser im Umkreis der Kirche fingen Feuer und brannten vollständig ab. Die Löscharbeiten dauerten zwei Wochen. Am 2. Juni brach die Turmruine auseinander. In der Kirche blieben der metallene Taufstein, zwei Kassen und ein Metallgitter von der Kanzel erhalten sowie Bücher einer Bibliothek, die der Kirche 1650 gestiftet worden war.
Der König befahl, umgehend mit dem Wiederaufbau der Kirche zu beginnen. Am 1. Oktober 1730 wurde der Grundstein für die barocke Petri-Kirche gelegt. Bei den Arbeiten an den Fundamenten kam es zu Problemen mit dem Grundwasser. Am 27. Juli 1731 fand die Grundsteinlegung statt. Am 28. Juni 1733 wurde die Kirche eingeweiht. Der Turm war zu dieser Zeit noch nicht fertig und die nötigen Arbeiten wurden stark beschleunigt. Am Abend des 21. August 1734 stürzte der neue Turm ein und zerstörte das Kirchenschiff und zwei Häuser in der Scharrenstraße. Die Kirche wurde zwar repariert, aber es wurde kein Kirchturm mehr gebaut. In der Nacht vom 19. zum 20. September 1809 brach im Inneren der Kirche ein Feuer aus. Es gelang nicht mehr, den Brand unter Kontrolle zu bringen. Am nächsten Morgen waren die Kirche und die umliegenden Marktbuden ein Raub der Flammen geworden. Das Feuer war in der Vorhalle ausgebrochen, in der die Besitzer der Marktbuden einige Sachen gelagert hatten. Vermutlich hatte ein nicht ganz gelöschtes Kohlebecken den Brand verursacht.
Fundamente der gesprengten St. Petri-Kirche im Dezember 2009, kurt vor dem Verfüllen.
Vor Überlegungen zum Wiederaufbau der Petri-Kirche bestanden Probleme mit dem Abtragen der hohen, barocken Kirchenruine. Letztlich erklärte sich ein Mauermeister Berger bereit, den Abriss zu wagen. Er trug die Kirchenruine innerhalb von zwei Jahren ab. Statt einer Kirche sollte nun ein Platz geschaffen werden. Diese Pläne scheiterten jedoch an den Berlinern. Freischärler nutzen den Platz für militärische Übungen und die Bürger benutzen ihn als Abkürzung. Die Kirchen-Verantwortlichen pflanzten Bäume darauf, um ihn zu verschönern. Dieser Zustand hielt etwa 30 Jahre an. Dann wurde über einen Neubau der Kirche an einer anderen Stelle nachgedacht, weil schon damals ein Mangel an öffentlichen Plätzen in der Stadt bestand. Außerdem befürchteten die Besitzer der umliegenden Häuser einen Wertverlust ihrer Häuser, wenn eine Kirche sie verschatten würde. Die Pläne zur Erbauung der Kirche anderswo scheiterten jedoch, daran das die Kirchgemeinde kein Geld für einen Grundstückskauf hatte.
So wurde im Jahr 1846 am alten Platz mit dem Neubau der St. Petri-Kirche begonnen. Am 3. August 1847 erfolgte die Grundsteinlegung. In den Grundstein wurden die im früheren Grundstein gefundene Kupfertafel, 12 Münzen, eine Votivtafel vom 27. Juni 1731, ein Berliner Adress-Kalender des Jahrs 1847, ein Verwaltungsbericht der Stadt Berlin für die Jahre 1829-1840, ein Verzeichnis der an der Armenpflege beteiligten Personen, ein Buch zur Geschichte der Petrikirche von Dr. Valentin Schmidt, sowie Stücke der zu dieser Zeit kursierenden Gold- und Silbermünzen und die auf Porzellan gebrannten Pläne und Abbildungen der neuen Kirche und noch weitere Unterlagen eingemauert. Der Grundstein war bei der Auffindung im Jahr 2007 leider leer. Durch das Revolutionsjahr 1848 stand zwar weniger Geld für den Kirchenbau zur Verfügung, aber aufgrund der hohen Arbeitslosigkeit konnten mehr Arbeiter eingestellt werden. Am 18. Oktober 1849 wurde das Richtfest für die Kirche gefeiert. Am 17. Mai 1852 war der Turm fertig und ein kurzer Abriss der Baugeschichte wurde in den Turmknopf eingelegt. Am 16. Oktober 1853 wurde die neue Kirche eingeweiht.
Die St. letzte Petri-Kirche ist in den letzten Tagen des II. Weltkriegs im Jahr 1945 durch Brand infolge von Beschuss beschädigt worden. Bis zum Jahr 1951 wurden die Kriegs-Schäden an den Fassaden repariert. In einem Brief von 1954 wehrt sich das Evangelische Konsistorium gegen den nunmehr geplanten Abriss der Kirchenruine.
Im Jahr 1959 waren weitere Sanierungsarbeiten an der Kirchenruine erforderlich, welche die Finanzmittel der Kirchengemeinde überstiegen. Der Abriss der Kirchenruine mit dem noch 98 Meter hohen Turm wurde beschlossen.
Von 1960 bis 1964 wurde die Ruine der St. Petri-Kirche abgerissen. Am 29.12.1962 und am 25.05.1964 wurden die verbliebenen Gebäudeteile gesprengt.
Am 1.1.1965 wurde die Petri-Gemeinde mit der Luisenstädtischen Gemeinde vereint. Zum 1.1.2006 fusionierte die St. Petri-Luisenstadt-Gemeinde mit der St. Marien-Gemeinde zur St. Petri-St. Marien-Gemeinde Berlin.
